甲烷生成有關之古菌獨特胺基酸序列的挖掘

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Title:	甲烷生成有關之古菌獨特胺基酸序列的挖掘 Mining for Distinct Amino Acid Sequences of Archaea Regarding Methane Production by Genome Comparison
Authors:	沈晉億
Contributors:	生物資訊學系碩士在職專班
Date:	2008
Issue Date:	2009-10-12 10:35:09 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	甲烷古菌是地球上唯一能產甲烷的微生物，它們能利用氫氣與含碳化合物，以厭氧呼吸的代謝特性來獲得能量，並產生甲烷。甲烷本身是一種很好的燃料，能夠用來製作電池，也能夠進行發電，其甲烷水合物(可燃冰)更被視為未來石油的替代能源。為了探索甲烷古菌獨特的生成特性，我們藉由古菌基因體的比較，挖掘出單獨存於甲烷代謝古菌的蛋白質胺基酸編碼序列(CDS)，並調查其功能特徵，以提供給生物學家做進一步的研究參考。本研究方法分為三個步驟ccolon (1)CDS的分群(2)挖掘具代表性的獨特CDS群組(3)調查代表性CDS群組的生物功能特徵。首先從NCBI下載45株古菌全部的CDS(coding sequence)序列(19株甲烷生成古菌， 26株非甲烷生成古菌)，並建立CDS序列資料庫(共98716條)，利用Blastp(Identity＞＝30，E-value＜＝e-30)來做CDS相似性序列的排比分群，然後利用集合論中的差集方式，找出只存於某類別中的CDS群組，再做CDS群組覆蓋率(Coverage)的評估計算，最後挖掘出21群甲烷代謝的代表性獨特CDS群組，調查它們在NCBI的蛋白質功能註解，其中12群為參與催化甲烷化作用及固氮作用的酵素群， 9群是假設性蛋白質(hypothetical protein)；這9群假設性蛋白質再以Blastp一對一的的排比方式，探勘出4群可能的功能特徵。
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