甲烷生成有關之古菌獨特胺基酸序列的挖掘

ASIA unversity > 資訊學院 > 生物資訊與醫學工程學系 > 博碩士論文 > Item 310904400/1489

jsp.display-item.identifier=請使用永久網址來引用或連結此文件: http://asiair.asia.edu.tw/ir/handle/310904400/1489

题名:	甲烷生成有關之古菌獨特胺基酸序列的挖掘 Mining for Distinct Amino Acid Sequences of Archaea Regarding Methane Production by Genome Comparison
作者:	沈晉億
贡献者:	生物資訊學系碩士在職專班
日期:	2008
上传时间:	2009-10-12 10:35:09 (UTC+0)
出版者:	亞洲大學
摘要:	甲烷古菌是地球上唯一能產甲烷的微生物，它們能利用氫氣與含碳化合物，以厭氧呼吸的代謝特性來獲得能量，並產生甲烷。甲烷本身是一種很好的燃料，能夠用來製作電池，也能夠進行發電，其甲烷水合物(可燃冰)更被視為未來石油的替代能源。為了探索甲烷古菌獨特的生成特性，我們藉由古菌基因體的比較，挖掘出單獨存於甲烷代謝古菌的蛋白質胺基酸編碼序列(CDS)，並調查其功能特徵，以提供給生物學家做進一步的研究參考。本研究方法分為三個步驟ccolon (1)CDS的分群(2)挖掘具代表性的獨特CDS群組(3)調查代表性CDS群組的生物功能特徵。首先從NCBI下載45株古菌全部的CDS(coding sequence)序列(19株甲烷生成古菌， 26株非甲烷生成古菌)，並建立CDS序列資料庫(共98716條)，利用Blastp(Identity＞＝30，E-value＜＝e-30)來做CDS相似性序列的排比分群，然後利用集合論中的差集方式，找出只存於某類別中的CDS群組，再做CDS群組覆蓋率(Coverage)的評估計算，最後挖掘出21群甲烷代謝的代表性獨特CDS群組，調查它們在NCBI的蛋白質功能註解，其中12群為參與催化甲烷化作用及固氮作用的酵素群， 9群是假設性蛋白質(hypothetical protein)；這9群假設性蛋白質再以Blastp一對一的的排比方式，探勘出4群可能的功能特徵。
显示于类别:	[生物資訊與醫學工程學系 ] 博碩士論文

文件中的档案:

档案	描述	大小	格式	浏览次数
index.html		0Kb	HTML	455	检视/开启

在ASIAIR中所有的数据项都受到原著作权保护.

数据加载中.....