人類普利昂蛋白於不同溫度下之分子動力學模擬

ASIA unversity > 資訊學院 > 生物資訊與醫學工程學系 > 博碩士論文 > Item 310904400/9031

Please use this identifier to cite or link to this item: http://asiair.asia.edu.tw/ir/handle/310904400/9031

Title:	人類普利昂蛋白於不同溫度下之分子動力學模擬
Authors:	黃一晏
Contributors:	Department of Bioinformatics
Keywords:	傳染性海綿狀腦病;分子動力學模擬;普利昂蛋白;CHARMM
Date:	2010
Issue Date:	2010-04-21 05:51:43 (UTC+0)
Publisher:	Asia University
Abstract:	傳染性海綿狀腦病(Transmissible spongiform encephalopathies, TSEs)是由腦部神經細胞漸進性的死亡引起。當取出傳染性海綿狀腦病患者的腦組織檢查時，可以看到腦部組織呈現海綿狀的外觀。一般相信普利昂蛋白與傳染性海綿狀腦病的發生有關。普利昂蛋白有兩種構形，即自然的構形和變性後的構形。傳染性海綿狀腦病的普利昂蛋白會誘導正常的普利昂蛋白摺疊成為致病的形態。錯誤的摺疊聚集成堆會干擾細胞的功能及引起細胞的死亡。本研究利用分子動力學模擬的方式，探討人類普利昂蛋白於不同溫度下的情況和變化。由於蛋白質的功能會受到蛋白質的折疊方式所影響，而折疊方式也會受到熱能的影響。我們以CHARMM來進行分子動力學模擬，計算人類普利昂蛋白於不同溫度下的分子振動情形。我們從RCSB的蛋白質資料庫PDB（Protein Data Bank）取得人類普利昂蛋白PDB ID為1i4m的結構資料，以GB模組的假想位勢模擬水環境，模擬人類普利昂蛋白於室溫(300K)、人體內溫度(310K)等溫度之下的動態行為。模擬每步數的時間為210^(−15)秒，總步數為1.510^6步，總時間為3*10^(−9)秒(3ns)。我們計算原子的振動(Root-Mean-Square Deviation, RMSD)、殘基的位移(Root-Mean-Square Fluctuation, RMSF)、旋轉半徑(Radius of Gyration, RGYR)等，發現於不同溫度之下，人類普利昂蛋白會有不同的構形。
Appears in Collections:	[生物資訊與醫學工程學系 ] 博碩士論文

Files in This Item:

File	Size	Format
	0Kb	Unknown	510	View/Open

Loading...