Representing and Similarity Querying Biological Sequences

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Title:	Representing and Similarity Querying Biological Sequences
Authors:	黃智偉;郭煌政
Contributors:	國立嘉義大學資訊工程學系
Date:	2003-09-13
Issue Date:	2009-12-09 05:25:09 (UTC+0)
Publisher:	臺中健康暨管理學院
Abstract:	生物資訊的資料日漸擴增，生物、醫學、藥學等領域研究人員想藉由生物資訊資料庫加快實驗目標的設定，一般而言研究人員會以已定序但未知功能的生物序列，從已知的資料庫內查詢此序列是否存在，或者是否存在相似的序列，因此如何快速地查詢就成為很重要的議題。本文探討如何將生物序列轉換成多維之資料點，以儲存於資料庫中。因為欲查詢之生物序列亦以相同方式轉換成多維資料點，如此可從資料庫中得到與其相似之多維資料點，故可達到快速查詢的目的。我們初步探討DNA、RNA 序列和蛋白質序列轉換為多維資料點可用之維度，DNA 或RNA 序列可分別以其計數、分散度以及chain code 等等為其維度。而蛋白質暫時只考慮其胺基酸序列，同樣地也是利用計數和分散度，將其轉換為多維資料點的各個維度，在做序列比對的時候，可以透過多維資料點的值直接用Euclidean distance 公式計算兩序列間的距離。算出的距離越短，表示是越相似的序列。我們實驗結果證實轉換後資料點越接近，序列越相似。
Relation:	第六屆工程科技與中西醫學應用研討會 296-303
Appears in Collections:	[Department of Applied Informatics and Multimedia] Proceedings

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