位於染色體脆弱地帶的microRNAs標靶癌症相關基因位置之研究

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Title:	位於染色體脆弱地帶的microRNAs標靶癌症相關基因位置之研究 Human chromosome fragile sites associated microRNA and its cancer gene target sites study
Authors:	江長志
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:49 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	近年研究發現，microRNAs位於染色體脆弱地帶標靶疾病相關基因，常會導致疾病發生。本研究主要目的在於探討位於染色體脆弱地帶的microRNAs標靶癌症相關基因之可能性。首先採用miRanda軟體，預測標靶互補結合之最低自由能，再藉由動物microRNAs與標靶的mRNA在3’端互補的特性，篩選出符合特性的標靶，來降低偽陽性(False Positive, FP)。接著，將參與預測標靶的microRNAs，比對染色體脆弱地帶的位置，找出預測標靶的microRNAs是否位於染色體脆弱地帶。最後，搭配GEO及ArrayExpress資料庫所提供的基因表達量資料以及microRNAs在7種癌症的表達量資料，藉以探討microRNA調控mRNA之可能性。藉由上述研究步驟，探討位於染色體脆弱地帶與非染色體脆弱地帶的microRNAs，在標靶癌症相關基因時，其標靶位置數目以及最低自由能，是否有明顯差異，再檢視預測標靶的microRNAs及其標靶基因在7種癌症中的表達量，是否呈現負調控狀況，來推論參與預測標靶的microRNAs，在該癌症中所扮演的角色。研究發現，在miRanda參數設定最低自由能的門檻值小於等於-12kcal/mol的情況下，microRNAs標靶抑癌基因的標靶位置總數689筆，超過致癌基因的標靶位置總數169筆與非癌症相關基因221筆。此外，位於染色體脆弱地帶的microRNAs標靶抑癌基因的標靶位置總數81筆，也相對的多於致癌基因的16筆與非癌症相關基因的22筆。總結發現，microRNAs標靶抑癌基因的標靶位置總數，皆多於致癌基因以及非癌症相關基因。除此，位於染色體脆弱地帶的microRNAs，其預測標靶的最低自由能在盒型圖中內籬(inner fence)區間，相對的高於非位於染色體脆弱地帶的microRNAs，其預測標靶的最低自由能在內籬區間。最後，將研究結果整合microRNAs以及基因在7種癌症的表達量，製作成查詢網頁，供使用者查詢。此網頁提供下列功能：(i)microRNAs標靶癌症相關基因查詢，(ii)染色體脆弱地帶與microRNAs位置，(iii)microRNAs及基因在癌症中基因表達量，(iv)最低自由能以及3’UTR百分比位置。網頁位址如下：http://ppi.bioinfo.asia.edu.tw/FS_microRNA。
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