整合基因表達、功能註解及癌症路徑資訊，探討microRNA調控癌症之相關性

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Title:	整合基因表達、功能註解及癌症路徑資訊，探討microRNA調控癌症之相關性 In silico study of regulatory relationship between microRNA and cancer by gene expression profiles function annotations and cancerous pathway information
Authors:	翁嘉偉
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:49 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	微型核醣核酸 (microRNA) 為一種普遍存在於動物、植物及病毒的非蛋白編碼核醣核酸 (Non-Coding RNA)，此種核醣核酸藉由抑制訊息核醣核酸的表現，以參與影響動植物的許多生理機制。最近的研究證據顯示，微型核醣核酸的異常表達或突變，可能與各類癌症有相關，如：乳癌、肺癌、肝癌…等。並有研究進一步顯示，微型核醣核酸的可能功能為致癌基因 (Oncogene) 及抑癌基因 (Tumor Suppressor Gene)。本研究欲整合多種生物資料，以探討微型核醣核酸調控癌症的可能性。本研究藉由 TarBase 資料庫所提供的微型核醣核酸及其經實驗技術驗證過的標靶基因 (Target gene) 資料，並整合 Genomics and Bioinformatics Group 所公開的 NCI-60 癌症細胞株核醣核酸 (RNA) 表現資料集，以皮爾森相關係數 (Pearson Correlation Coefficient) 及 Spearman 排名相關係數 (Spearman Rank Correlation Coefficient) 量化微型核醣核酸及其標靶基因於乳癌、中樞神經系統癌症、結腸癌、肺癌、白血病、黑色素癌、卵巢癌、前列腺癌、腎臟癌症等九類癌症的核醣核酸表現相關程度。並進一步篩選出微型核醣核酸及其標靶基因呈現負相關的相對記錄。再將篩選的記錄與 OMIM 疾病資料庫中所記錄的癌症資料進行比較，比較之結果顯示使用相關係數之計算可預測一部份的 microRNA 標靶物為癌症基因。本研究亦整合 Gene Ontology (GO) 功能註解資料及KEGG 癌症路徑資料，以找出各組織中呈現負相關標靶基因群的特異性註解資料。關於癌症路徑資料方面，則搜尋微型核醣核酸標靶基因記錄於 KEGG 中，所參與的調控路徑。整合之目的為應用此三種資訊，即相關係數、GO 及 KEGG，作為判斷潛在癌症相關微型核醣核酸。網址存取位址： http://ppi.bioinfo.asia.edu.tw/mirna_target
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