蛋白質結構分割

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Title:	蛋白質結構分割 Segmentation of Protein Structures
Authors:	陳炫宏
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:48 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	在蛋白質序列裡，保留域(reserved domains)被視為擁有蛋白質的功能的關鍵資訊。在本研究中，蛋白質次單位結構(sub-structures)將被視為相等於保留域的基本單位。然而根據文獻得知氫鍵跟蛋白質的穩定性有著高度的正相關。因此，將蛋白質分割成片段的穩定結構將是未來的一個方向。在此利用 3D –BLAST 尋找蛋白質相似的結構，但可能是屬於不同的家族。換句話說，這些蛋白質有很不一樣的序列。研究的方法將切割一個蛋白質使用無參數的資料力場模型來計算最佳化的密度分部方式，然後從密度最低的地方遞歸切割蛋白質結構，分割蛋白質藉由氫鍵來定義較穩定的相似次單位結構，期望被分割的片段可以被視為結構性組織(structural motifs)。
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