?用物?化學性質預測蛋白質的甲基化修飾位

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Title:	?用物?化學性質預測蛋白質的甲基化修飾位 Predicting Protein Methylation Sites with Physicochemical Properties
Authors:	蔡宗穎
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:47 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	蛋白質甲基化是已知可逆反應後修飾其中的一種，並且在生化反應路徑中扮演著相當重要的角色。利用實驗的方法來找出蛋白質甲基化的修飾位是一件相當耗時，並且需要相當多花費的工作。因此利用計算的方式來預測甲基化修飾位，能夠在候選修飾位的篩選時，提供了一個有效率的方法。在本研究中，我們使用Amino Acid Index 資料庫中的疏水性以及轉移能作為特徵，並利用支持向量機作為這個方法中的分類器。比較預測準確率所使用的樣本為MASA資料組，在資料組中包含了50% 的甲基化修飾樣本以及50%未修飾樣本, 在其中精胺酸與賴胺酸的樣本數分別為266 與 314個。在實驗中評估預測結果的方法，是使用Leave-one-out 交叉驗證法。在結果中精胺酸與賴胺酸修飾位分別達到了最高82.8%與79.32%的預測準確率。這個結果顯示出我們所選用的兩種特徵與其他研究方法相比，是相當簡單但卻也有相當不錯的效果。
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