以電腦模擬來探討瘧疾的BP2 與VP2半胱胺酸蛋白?的抑制劑研究

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Title:	以電腦模擬來探討瘧疾的BP2 與VP2半胱胺酸蛋白?的抑制劑研究 Study of inhibitors for BP2 and VP2 cysteine proteases
Authors:	卓育生
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:45 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	瘧疾是一種潛在致命的疾病，它是由瘧原蟲(plasmodium)所引起的急性傳染病，瘧疾的名稱是源自於義大利文(malaria)，意思是「不好的空氣」，多發生於溫暖潮濕的熱帶地區，瘧蚊(Anopheles)為其傳播媒介，根據世界衛生組織報導，瘧疾目前存在於100 多個國家中，大多是撒哈拉以南的非洲地區和東南亞地區，全球每年大約有3 億多件關於瘧疾的案例，而有150 多萬人死於該病。近年來電腦硬體及軟體的快速發展，利用電腦模擬配合生物科技或分子醫學相關的知識及應用，以同源模擬(homology modeling)的方法可以模擬出同為鼠瘧蛋白的BP-2(berghepain-2)和VP-2 (vinckepain-2)的3D 立體結構，再利用分子嵌合軟體AutoDock 與文獻中找到的Ligand 進行分子嵌合運算，針對分子嵌合後的結合位置做分析，計算出預測的結合自由能(Estimated Free Energy of Binding)與抑制常數ki(inhibitory constant)，以及分析病毒蛋白與Ligand 之間的氫鍵作用力。經過電腦模擬計算後發現Ligand 1 對BP-2 與Ligand 4 對VP-2 有不錯的表現，預測的結合自由能與抑制常數Ki 都是最低，利用此研究結果可提供未來發展新藥的思考方向。
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