阿茲海默症相關?澱粉蛋白穩定性之分子動?學模擬

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Title:	阿茲海默症相關?澱粉蛋白穩定性之分子動?學模擬 Molecular Dynamics Simulation of the stability of Alzheimer's disease-related amyloid protein
Authors:	許爵麟
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:43 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	本研究為了探討阿茲海默症相關類澱粉蛋白的穩定性情況，利用分子動力學模擬（Molecular dynamics simulation, 簡稱MD）的方式來觀察類澱粉蛋白在不同寡聚體的差異。本研究使用類澱粉蛋白2beg(17-24)的結構，資料來源是RCSB的蛋白質資料庫PDB（Protein Data Bank），以核磁共振方式解出。所使用的分子動力學模擬程式為CHARMM，先設定2beg(17-42)類澱粉蛋白的單體、二聚體與五聚體，這三種結構放入水溶液後的狀態，由CHARMM程式模擬處於絕對溫度三百K中的運動情形。在模擬後的結果發現，在總能量部分，單體、二聚體與五聚體的總能量皆為穩定狀態。三種結構的RMSD、RMSF分析比較後，皆為單體的位移程度最大，五聚體最為穩定。以RGYR分析，三種結構皆有收縮情形發生，單體的收縮程度也大於其它結構。因此在絕對溫度三百K下，單體相對於其他兩種結構來的不穩定，更容易造成聚合的情況發生。
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