利用動態時間扭曲及最小二乘平差分析殘基接觸以比對蛋白質結構

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Title:	利用動態時間扭曲及最小二乘平差分析殘基接觸以比對蛋白質結構 Rsidue Contact with Dynamic Time Warping and Least Squares Adjustment for Protein Structure Alignment
Authors:	李俊弦
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:42 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	在蛋白質研究中，蛋白質結構比對(protein structure alignment)是一個非常重要的議題。一般來說，這個工作可以分為兩個方向，局部結構和整體結構的比對。在本研究中提出由原始蛋白質結構中所得到的殘基接觸(residue contact)，將蛋白質的三維座標轉換為一維的特徵值，接著使用一種迭代的方法,把三維空間中的蛋白質，做整體結構的比對。此一混合方法，結合了動態時間扭曲(dynamic time warping)和最小二乘平差(least squares adjustment)。首先使用動態時間扭曲將兩條蛋白質做粗略的比對，找出對應的關係，再找出其中一對一的組合，以最小二乘平差解出旋轉平移參數，使得兩條在不同空間維度的蛋白質，轉換座標至同一維度空間並修正座標。計算轉換後的誤差量為權重，加速粗略到精細比對的速度，並計算其均方根偏差值(RMSD)，經過迭代至收斂後，輸出轉換後之座標，即為最終最佳胺基酸配對之對應。
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