以電腦模擬探討腸病毒71型在VP1與3C蛋白?上的抑制劑研究

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Title:	以電腦模擬探討腸病毒71型在VP1與3C蛋白?上的抑制劑研究 Study of VP1 and 3C Protease for Enterovirus 71 for inhibitor’s binding site
Authors:	林明粲
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:40 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	十一年前台灣曾爆發腸病毒的大流行，造成十三萬名的通報病例，78名孩童死亡，405名孩童引發嚴重的併發症。之後，每年台灣都還有傳出腸病毒71型 (Enterovirus 71) 的病例，而至今仍還未研發出有效抑制腸病毒71型的抑制劑。隨著近年來計算機的進步以及生物資訊 (Bioinformatics) 的發展，利用電腦模擬配合生物科技或分子醫學相關的知識及應用，以同源模擬 (homology modeling) 的方法可模擬出腸病毒71型的外鞘蛋白VP1 (capsid _VP1)及3C蛋白酶(3C_ protease)的三維立體結構，再利用分子嵌合軟體 AutoDock 與文獻中找出的 Ligand進行嵌合計算。針對分子嵌合後的結合位置做分析，計算出平衡結合能及抑制常數Ki等能量值，以及分析病毒蛋白與Ligand之間的氫鍵作用力，氫鍵在分子結合過程中也是非常重要的參考依據。研究結果得到Ligand 4有不錯的表現力，並且可取代VP1上的類脂肪分子穿過疏水性凹槽與VP1結合，而Ligand AG7088與3C蛋白酶也有不錯的表現力，未來可利用研究結果以實驗方式找出可能抑制腸病毒71型的前導藥物。
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