以電腦模擬探討抑制劑在半胱氨酸蛋白?的結合位置

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Title:	以電腦模擬探討抑制劑在半胱氨酸蛋白?的結合位置 Studies of inhibitor’s binding site for Cysteine protease
Authors:	劉冠隴
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:38 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	本研究是討論如何利用電腦發展的分子結構應用軟體，與生物科技或分子醫學相關的配合及應用，探討如何利用瘧疾惡性瘧原蟲 ( Plasmodium falciparum ) 半胱氨酸蛋白酶的結構 ( Cysteine protease )，和在資料庫中 ( Binding database ) 所找到的十種 Ligands，其中八種為 Phenylurenyl Calcone 衍生物，而另外二種分別為 LEU 和E-64，再加上三種由文獻中所發現的 Compounds ，而這三種化合物則分別為compound1的 N-(1-(cyanomethylcarbamoyl)cyclohexyl)-4-(1-(2-methoxyethyl)piperi-din-4-yl) benzamide，還有compound 2的(S)-N-(1-(cyanomethylamino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl)biphenyl-4-carboxamide，以及compound3 的Leupeptin，於結合位置( binding site ) 的抑制情形做分析，結果得到 Ki，以Ki來說為Phenyurenyl Calcane deriv.23 也就是第一個 Ligand表現較出色，其次為Compound 1 ; 再來分析氫鍵的表現，氫鍵在藥物結合過程中也是非常重要的表現，之後經過電腦模擬是否與ARG-6有氫鍵作用則為本研究分析參考判斷之一，利用分析結合位置與抑制劑間作用關係，隨著未來更完整的分子科學與量子力學等各方面進步之下，相信在醫學或其他領堿下的研發使用會更迅速的發展。
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