SARS主要蛋白?與抑制劑結合作用之電腦模擬

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Title:	SARS主要蛋白?與抑制劑結合作用之電腦模擬 Studies of SARS virus main proteinse inhibitor’s binding site
Authors:	李冠德
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2009
Issue Date:	2009-10-12 10:35:38 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	隨著電腦技術的快速演變，電腦可應用的層面愈趨廣泛，現今已發展出電腦輔助藥物設計「CADD」（Computer-Aided Drug Design）的技術，藉以結合結構生物學的相關知識。利用生物資訊方式分析具潛力的抗SARS藥物。 SARS 冠狀病毒（Coronavirus）複製時所需的主要蛋白酶（main proteinase，1UK4），由文獻得知Inhibitor位於Domains I與Domains II之間，Substrate-Binding Sites為半胱氨酸蛋白酶(Cystatin)。利用Insight II建構 Ligand的3D結構，並由Protein Data Bank下載蛋白酶1UK4，再經由降能量處理得到結構最佳化，使蛋白酶與Ligand呈現最穩定的狀態。根據文獻找出蛋白酶的活性位置(active site)，利用分子對接軟體Autodock對虛擬藥物結合位置（Binding site）的抑制情形做分析。由抑制常數Ki值找出最好的抗SARS抑制劑，最後再搭配使用PyMOL軟體，做蛋白酶與Ligand之間的結合作用分析，氫鍵越短同時鍵結也越穩定，並且統計出最穩定的前幾個化合物，結果得知通常會與CYS-145產生結合作用，依此結果未來應用於設計潛力抗SARS藥物也可利用電腦輔助藥物設計尋找蛋白酶與Ligand間是否有產生CYS-145結合作用，以加速抗SARS藥物的研究。
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