以電腦分子模擬Cyclooxygenase-1  Cyclooxygenase-2抑制劑之研究

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題名:	以電腦分子模擬Cyclooxygenase-1 Cyclooxygenase-2抑制劑之研究 Study of molecular simulation Cyclooxygenase-1 and Cyclooxygenase-2 Inhibitors
作者:	劉品辰
貢獻者:	生物資訊學系碩士班
日期:	2009
上傳時間:	2009-10-12 10:35:36 (UTC+0)
出版者:	亞洲大學
摘要:	本研究利用電腦分子模擬COX-1和COX-2 inhibitors為本研究主題重點。哺乳類動物主要有兩異構型分別為COX-1及COX-2。COX-1和COX-2的結構十分類似，分佈位置以及功能有顯著不同。COX-1主要負責生物體內正常生理功能的酵素，平時出現在體內的器官中，參與正常生理作用。COX-2為誘導性的Cyclooxygenase，在大部分的組織中並無表現，主要扮演發炎前驅性的角色。 COX-1和COX-2目前在人類蛋白質結構資料庫中尚無完整的結構，因此利用BLAST找出與COX-1和COX-2 identity大於30%的蛋白質做為模版，用Homology modeling建構COX-1和COX-2的蛋白質3D構當作receptor，文獻中所找到的3-Alkylaminopropoxy-9,10-anthraquinone衍生物以及八種Xanthone衍生物，再加上對抗C-Met新藥Sunitinib，共十一個藥物做為ligand。Autodock軟體裡的docking，將ligand和receptor結合位置結果進行分析，分析Ki、預測結合自由能和平衡後的結合能，判斷ligand和receptor結合力。蛋白質結構影響ligand和receptor的穩定性，因此我們利用ramachandran plot分析homology modeling建構的結構都落在φ角和ψ角的範圍內，所以我們所建構的COX-1和COX-2的protein為合理的結構，在COX-1中compound A群和B群有較低Ki值，特別是B2能與TRY-385結合，此胺基酸為Arachidonic Acid的重要催化點。而COX-1和COX-2在Arachidonic Acid催化位置有不一樣的空間，COX-1適合長條型及較小的compound，而COX-2則適合彎型及較大的compound，提供研究人員發展新藥的思考方向，但實際上效用仍然需要經由實驗證實，但經由電腦模擬能大幅減少藥物研發的時間，才能在最短時間有效的抑制疾病。
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