水稻T-DNA 插入突變體?翼序?自動化比對系統之建?

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Title:	水稻T-DNA 插入突變體?翼序?自動化比對系統之建? The establishment of T-DNA insert mutant flanking sequence utomation BLAST system in rice.
Authors:	許瀚升
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2008
Issue Date:	2009-10-12 10:35:34 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	水稻之基因組已完全解序，因此，在後基因體時代，研究水稻的基因及其功能之方法以T-DNA插入法為主流，T-DNA插入突變以T-DNA為tag，進一步由兩翼序列之獲得以瞭解可能的基因與功能之關連。對於逆向遺傳學的研究來說，獲得 T-DNA 插入突變點之兩翼序列(Flanking sequence , FS) 是不可或缺的，為水稻功能性基因體研究創造出非常有價值之資訊。我們可以藉由T-DNA之兩翼序列，來定位T-DNA序列在水稻基因體中的插入位置，再尋找附近可能影響突變的基因，提供給生物學家作進一步的性狀與基因之比較驗證。由於，在比對T-DNA插入之兩翼序列的過程中，需要面對實驗室中PCR實驗的許多不確定因素，故往往需要反覆人工操作網站上提供的BLAST比對水稻基因體與質體序列資料庫，才能確認此為成功的FS片段，相當耗費時間與人力資源。本研究使用BLAST結合perl語言撰寫而成『水稻T-DNA插入突變體兩翼序列自動化比對系統』，分別將T-DNA序列、質體序列及水稻基因體序列建立資料庫，取代網站的BLAST功能，設定期望值參數，並且能夠自動化針對序列進行篩選，讓使用者不需具備相關專業知識，也可以完成所有比對流程；此系統之建立達到加速序列比對過程，避免人為錯誤，且可準確獲得T-DNA在Rice genomic之位置。作為水稻FS實驗室後端的生物資訊處理與分析。由於快速的後端處理，輔助提升實驗的效率與成功率，也確保FS之正確性及機密性。目前經本系統比對之序列，已有超過3000條提供至中央研究院。
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