基因表現探索器用在多重微陣列與成對微陣列

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Title:	基因表現探索器用在多重微陣列與成對微陣列 A systematic gene expression explorer tool for multiple and paired chips
Authors:	歐忠維
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2008
Issue Date:	2009-10-12 10:35:32 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	本研究目的在開發基因表達探索器(Gene Expression Explorer ,GEE) ，做為有效率分析微陣列基因表現量的一個工具。它可以分析多重微陣列基因表現資料與成對微陣列基因表現資料。並且將基因表現資料以新陳代謝路徑圖的方式，顯示基因表現量的變化。GEE工具是使用C++語言來開發的工具，這個工具可以達到以下的目標：(1)分析各別基因的表現值。(2)將基因表現值分群，(3)以直方圖(Histogram)分析多重微陣列基因表現值，(4)分析有差別的基因表現資料，(5)分析成對微陣列基因表現資料並且以直方圖的方式將基因比率數值出現的頻率加以分群，(6)分析成對微陣列基因表現資料將基因數值比率資料以散佈圖(Scatter Plot)的方式顯示出來，及(7)將成對微陣列基因表現資料對應到新陳代謝路徑圖(Pathway Map)。在分析的同時程式以即時(Real-Time)的方式運作可以同時觀看不同的直方圖、散佈圖、基因分群、新陳代謝圖等分析結果。這些分析的結果都可以輸出成為文字格式(Text File)或將直方圖與散佈圖以點陣圖(Bitmap)的檔案格式輸出。我們並且使用GEE工具分析48個來自肝臟腫瘤微陣列晶片資料與正常肝臟組織微陣列晶片資料，將基因表現數值分類為Over-expression、Under-expression、No significant differential expression。當使用者定義的門檻值有改變的時候，基因表現分類的結果就會不同，因此使用者可以隨時調整門檻值，來觀察基因表現的分類變化。成對微陣列的基因表現數值的頻率分析使用直方圖來表示，使用標準的統計方法來計算基因的頻率比率。當使用者改變頻率的基因數值門檻值的時候，直方圖以即時的方式來改變。基因表現數值的分析結果可同時對應到新陳代謝路徑圖的上面，使用圖形化的方式將基因表現數值的分類，顯示在新陳代謝路徑圖，這樣視覺化的表示方式，可以讓使用者很充實的解釋基因之間的關係與說明。
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