肌醇代謝路徑之細菌基因體學比較

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Title:	肌醇代謝路徑之細菌基因體學比較 Bacterial genomic comparison of Inositol metabolism pathway
Authors:	詹明佳
Contributors:	生物資訊學系碩士在職專班
Date:	2008
Issue Date:	2009-10-12 10:35:24 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	細菌對不同種類碳源利用的能力，通常可以用來作為區分菌種和描述細菌特性的依據。 Myo-inositol為一6碳的環狀碳水化合物在土壤中含量豐富，研究結果指出 Bacillus subtilis和一些微生物的生長，可以單純利用肌醇(Inositol)作為單一碳源。研究結果指出，在 B.subtilis菌中 iolABCDEFGHIJ及iolRS操縱子，分別參與肌醇(Inositol)的利用與調節。在 Sinorhizobiurn fredii '除了肌醇利用外，固氮作用也必需要 Myo-Inositol去氫嗨基園的參與。然而，多數其它微生物則不能利用肌醇來當能量來源。在本論文中，以方法來比較和分析不同的細菌種類的 iol相關基因群。在研究方法上，我們從NCBI和 KEGG資料庫可以取得十八種細菌的肌醇代謝路徑，以及參與肌醇代謝的代謝基因與基因體序列。先利用從 VectorNTI工其來建構與比較 iol相關基因體圈。接著從NCBI中的 Blast工具應用蒐尋同源基因。再使用 NCBI的 CDD工具來分析各個蛋白質的功能區域。我們同時也使用了 Multialin工具來作同源菌種的功能性區域序列比對，及 Seqlogo來畫出各個區域的胺基酸logo。最後由 ClustalX中 bootstrap的隨機設定來完成各個區域的演化樹分析及treeView工其來呈現演化樹圖。
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