嗜熱古菌基因體挖掘探勘

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Title:	嗜熱古菌基因體挖掘探勘 Mining of Thermophile Archaea by Genome Comparison
Authors:	邱子瑞
Contributors:	生物資訊學系碩士在職專班
Date:	2008
Issue Date:	2009-10-12 10:35:21 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	古細菌是生存在極端環境中，擁有非常特殊的生物特性。在本研究中，我們根據NCBI所提供古菌（Archaea）嗜熱溫度的差異，分別將古菌分為嗜熱跟非嗜熱兩種類別，希望能從古菌基因體中挖掘出單獨存在某類別的特徵，提供給古菌學者對於嗜熱古菌得研究參考。我們的研究方法分為三個步驟：（1）CDS 群組、（2）挖掘獨特群組、（3）獨特群組生物特徵調查。首先我們收集古菌基因體中蛋白質胺基酸編碼序列（CDS），利用BLAST 來做CDS 序列相似性的分析，將相似的CDS 分在同一群組，然後利用集合論中差集的方法，找出只存在於某個類別中的CDS 群組，再檢查此CDS 群組是否有同時出現在這個類別中大部份的古菌。在實驗中，我們從NCBI下載50 株古菌全部的CDS（coding sequence ）序列（29 株嗜熱古菌，21 株非嗜熱古菌），並建利CDS 序列資料庫（共有100542 條），找到了12 個獨特CDS 群組。
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