以修改網?構成分析方法推?肝癌細胞週期基因轉?控制之改變

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Title:	以修改網?構成分析方法推?肝癌細胞週期基因轉?控制之改變 Deducing the change of transcription regulatory activity on cell cycle related genes in liver cancer by modified network component analysis method
Authors:	陳俊志
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2007
Issue Date:	2009-10-12 10:35:13 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	基因之間彼此調控關係的研究已經受到許多研究學者的關注，生物科學的研究也逐漸發展到了宏觀的系統生物學領域。已知細胞的增長或凋亡均是受到基因調控的影響，通常細胞的增殖受細胞週期嚴格控制，但是像癌症這種複雜的疾病，其主要特性之一是可以不受控制地持續增殖，癌症又是一種高致命性的疾病，若是能藉由基因的表現度變化來確認細胞週期基因是否異常，對於了解癌症生成原因將有所助益。現今，生物實驗技術對於基因調控關係的確認，已經有相當的成效，但是相較於使用生物資訊方法的預測上，生物實驗通常需要耗費較多的時間與成本，若能預先使用生物資訊方法來預測基因的調控是一個有效率的作法。已經有專家學者提出一些用來預測基因調控關係的方法，但是這些方法往往受限於受測資料不易取得，例如，需要有時間序列依據的資料，或者是方法上受到資料格式的侷限或牽制，因此，我們修改了網路構成分析方法(network component analysis)方法作為預測基因調控強度的方法，這個方法可用於預測出轉錄因子對基因調控的強度，而所需要的研究資料僅是目前普遍通用的微陣列基因表現資料，並且這些資料不需要有時間序列的依據。本研究以48 個肝癌病人的肝癌組織細胞與肝臟正常組織細胞之微陣列基因表現資料，經過正規化後套用於此方法做預測，並以細胞週期內的基因作為預測的目標，期望能預測轉錄因子與細胞週期基因之間的調控強度，進而比對腫瘤與非腫瘤細胞的基因調控差異處，找出可能與腫瘤生成相關的基因。研究結果顯示，有50 組轉錄因子對基因的調控強度在肝癌組織內與肝臟正常組織內有明顯的差異，例如ATF1 對RC3；MYB 對SRD5A1、MAN1A2、HIST2H2BE、FLJ22313、 GCSH、ABCC2、MCM6；APEX1 對HSPA1L；HOXA5 對HIST1H2AC…等。這些數據有助於了解肝癌生成過程中基因調控路徑之改變。
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