古菌基因體相關於氧氣需求的研究

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Title:	古菌基因體相關於氧氣需求的研究 A Study of Archaea Genome Regarding Oxygen Demand
Authors:	張文褔
Contributors:	生物資訊學系碩士在職專班
Date:	2007
Issue Date:	2009-10-12 10:34:48 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	古菌大都生存在極嚴苛的環境，擁有非常特殊的生物特性“在本研究中，我們根據NCBI 所提供古菌（Archaea ）氣氣需求量程度的差異，分別將古菌分為好氣• 兼性厭氣和厭氣等三種類別，希望能從古菌塞因體中，挖掘出單獨存在某類別的特徵，提供給生物學者對於古菌氣氣需求的研究參考“我們的研究方法分為三個步驟：( 1 ) C DS 群組• （2 ）挖掘獨特群組• （3 ）獨特群組生物特徵調查。首先我們收集古菌塞因體中蛋白質腔塞酸編碼序到（CDS ) ，利用BLAST 來做CDS 序到相似性的分析，將相似的CDS 分在同一群組，然後利用集合論中差集的方法，找出只存在於某個類別中的C DS 群組，再檢查此CDS 群組是否亦同時出現在這個類別中大部分的古菌“在實瞼中，我們從NCBI 下載22 隻古菌的C DS 腔塞酸編碼序到（包含4 種好氣• 5 種兼性厭氣• 13 種厭氣）, 建立CDS 序到資料庫（共有52 , 156 條），找到了7 個獨特CDS 群組（存在超過90 囑的厭氣古菌中）：一群獨特群組是組織蛋白（HIStolle Protein ) ，二群獨特群族組是假設性蛋白（Hyp 戲hetical Pr 戲ein ) ，三群獨特群組是氫化酵素( Hydrogellase ）相關。
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