癌症專一性選擇性裁剪處之發現與分析

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Title:	癌症專一性選擇性裁剪處之發現與分析 Discovery and Analysis of Tumor-specific Alternative Splicing Sites
Authors:	鄭佳揚
Contributors:	生物資訊學系碩士班
Date:	2004
Issue Date:	2009-10-12 10:34:33 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	選擇性裁剪是造成蛋白質多樣性的重要機制。基因會轉錄成pre-mRNA，再經過snRNP的裁剪(splicing)後，成為成熟的mRNA；再經由轉譯的動作製造出多胜肽。當同一個pre-mRNA被裁剪成不同的mRNA進而轉譯出不同的多胜肽，稱為選擇性裁剪(alternative splicing)。而EST是經由實驗定序出的mRNA的片段序列。目前在dbEST中人類的EST比數已超過500萬筆。將同一個基因表現的數個EST對齊到基因序列，可以找出外顯子(exon)與插入子(intron)的範圍，如果不同的EST對齊出的外顯子與插入子有互相重疊，則可以推測此處有發生選擇性裁剪。AVATAR (a value added transcriptome database)是透過把EST與基因體序列對齊後辨認選擇性裁剪而產生的資料庫。本研究利用費雪精確檢驗法(Fisher’s exact test)檢驗AVATAR資料庫中的每一個選擇性裁剪處在某組織中是否與癌症相關，結果找出51處可能與癌症相關之選擇性裁剪處。經NCIB LocusLink對基因功能的註解確認，有11個基因與癌症相關。並將表現癌症相關選擇性裁剪處的EST序列比對，找出可能造成癌症選擇性裁剪機制之點突變(point mutation)或是其他變異。本研究除提供癌症相關之選擇性裁剪處，並開發整合EST序列分析工具，如萃取特定外顯子、多EST序列比對、標出與裁剪機制相關之專一序列(motif)等，以利深入研究個別基因。
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