整合蛋白質交互作用、功能域頻?及癌蛋白?接作用維?資?推導癌蛋白交互作用

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Title:	整合蛋白質交互作用、功能域頻?及癌蛋白?接作用維?資?推導癌蛋白交互作用
Authors:	林以文
Contributors:	吳家? 亞洲大學生物與醫學資訊學系碩士班
Keywords:	癌症蛋白質;蛋白質交互作用;功能域頻?;癌蛋白作用維?;支持向?機;隨機森?;?經網絡;樸素貝?斯網?
Date:	2012
Issue Date:	2012-11-14 13:34:21 (UTC+0)
Abstract:	摘要眾所皆知，蛋白質與人?疾病是息息相關的。但是人們仍然?清楚它在疾病的運作機制中所扮演的確?角色。為??深入?解這些蛋白質的交互作用和功能，我們使用蛋白質交互作用（Protein-protein interaction 簡稱PPI）據去建構一組疾病蛋白的交互作用規則。本研究的主要目的是?用?種?型的特徵去預測癌症蛋白質，即 domain-domain interactions (簡稱DDI)、功能域頻?權重分?(Weighed Domain Frequency Score 簡稱 DFS)及癌蛋白?接作用維?(Cancer Linker Degree 簡稱 CLD)的資?。此研究引入?一對一的交互作用模型?定?描述癌症蛋白特?性 DDI 的可確性，功能域頻?權重分?則被採用?測?功能域出現在癌症和非癌症蛋白質的傾向。最後，癌蛋白?接作用維?被定義並用?衡?癌症和非癌症蛋白質交互作用的對象。然後，我們整合這些結果以?預測PPI 之中的癌症蛋白質。我們進?? 10 倍交叉驗證測試?檢驗支持向?機、隨機森?、?經網絡和樸素貝?斯分?器的分??敏?。而我們的結果顯示預測出?最高的?敏?、特?性和F1 值分別為95％、86％和79％。接著我們又執??特徵值的正規化、預測單一特徵?據的結果，並與其他相似的研究比較預測性能上的優點和缺點。研究結果發現我們採用的方法其性能較佳，這也表明?本研究的可?性。研究結果建置成網頁，供使用者查詢，網址為： http://ppi.bioinfo.asia.edu.tw/TsgOcgppi/。
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