甘藷褪綠矮化病毒台灣分離株之分子特性分析

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Title:	甘藷褪綠矮化病毒台灣分離株之分子特性分析
Authors:	王筠棋
Contributors:	生物科技學系
Keywords:	甘藷褪綠矮化病毒;長線狀病毒屬
Date:	2018-02-09
Issue Date:	2018-02-09 08:35:31 (UTC+0)
Publisher:	ASIA
Abstract:	甘藷褪綠矮化矮病毒 (sweet potato chlorotic stunt virus，SPCSV) 屬於Closteroviridae科Crinivirus屬，可經由粉蝨傳播，嚴重影響全世界甘藷的產量。根據基因體的系統演化樹分析，目前的SPCSV分離株可分為西非 (West African, WA) 和東非 (East African, EA) 兩個株系 (strain)。SPCSV始於2012年在台灣首次被報導，對於台灣SPCSV分離株之分子特徵至今仍了解甚少。本實驗室於2016年從嘉義市採集了具有褪綠的甘藷樣本，命名為CYI6。利用逆轉錄聚合酶鏈鎖反應 (reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR) 擴增cDNA片段進行CYI6的全基因組定序，先使用Closteroviridae科病毒簡併性引子對，再從SPCSV分離株的可用序列設計簡併性和專一性引子對進行擴增反應。CYI6的RNA1和RNA2核苷酸 (nucleotide, nt) 序列分別與WA strain 的SPCSV分離株具有98.7-98.9％和98.5-98.8％的高相同度 (identity)，但與EA strain相比，RNA1和RNA2的相同度僅為70.0-81.5％及70.3-70.5％。另外，根據系統演化樹分析，CYI6的RNA-dependent RNA polymerase (RdRp)，熱休克同源性蛋白70 (heat shock protein 70 homolog, Hsp70h) 和外鞘蛋白 (coat protein, CP) 與WA strain 的SPCSV分離株之胺基酸 (amino acid, aa) 相同度為96.4-99.8％，顯示CYI6是屬於WA strain的SPCSV分離株。使用CYI6專一性引子對進行RT-PCR檢測在田間具病徵的甘藷植株，於2016至2017年期間進行調查，結果顯示，自台北、台中、嘉義、台南、高雄及屏東等地區收集的108個甘藷樣本中，僅於嘉義市採集之樣本中檢測到SPCSV，檢出率為44.1％。由此可知，SPCSV在台灣的分佈仍受局限，要特別注意此病毒之散佈。
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