利用計算生物學與生物感測技術選擇最佳抗前列腺特異性抗原之適體

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Title:	利用計算生物學與生物感測技術選擇最佳抗前列腺特異性抗原之適體
Authors:	謝碧綢
Contributors:	生物資訊與醫學工程學系
Keywords:	攝護腺特異抗原;核酸試體;分子模擬;石英晶體微量天平;表面電漿共振
Date:	2017
Issue Date:	2017-09-13 02:46:01 (UTC+0)
Publisher:	亞洲大學
Abstract:	本研究，我們提出一套結合生物資訊與生物感測技術的方法，來分析選擇最佳的攝護腺特異抗原（PSA）適體。主要的目的是通過生物資訊分析與分子模擬的方法，結合生物感測技術來驗證，預測出具與攝護腺特異抗原是結合力較高的核酸試體。我們基於五組已知與攝護腺特異抗原適體結合力較強的序列最為我們的起始預測序列。利用遺傳演算法方式預測出最佳的一組序列。接著使用RNAfold 網頁伺服器來分析序列的二級結構，並使用RNAComposer 網頁伺服預測出適體序列的 3D分子模型。使用預測得到的具有最佳2級結構的適體序列，建立3D分子模型並使用ZDOCK進行對接分析。最後，使用生物感測技術中的石英晶體微量天平（QCM）和表面電漿共振（SPR）儀器來驗證選擇的適體對攝護腺特異抗原（PSA）的結合力。通過使用生物資訊模擬模擬，再利用生物感測實驗的驗證，本研究的結果顯示可以成功地篩選出與攝護腺特異抗原結合力較高的的適體。在生物感測的結果上，QCM和SPR實驗得到的結果顯示，篩選出的序列可以比已知的最佳核酸序列分別產生約2倍到3倍的訊號量。
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