T-DNA插入事件在水稻基因組的分佈特性

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Title:	T-DNA插入事件在水稻基因組的分佈特性
Authors:	林錦源
Contributors:	Department of Biotechnology
Keywords:	轉移DNA(T-DNA);兩翼序列標誌;T-DNA插入事件
Date:	2010
Issue Date:	2010-09-09 07:30:54 (UTC+0)
Publisher:	Asia University
Abstract:	本研究利用中央研究院余淑美博士提供的T-DNA插入致突變水稻為研究材料，先以HA-PCR進行樣品DNA的擴增，然後交由中研院基因體研究中心進行目標DNA序列的定序，再以「水稻T-DNA插入突變體兩翼序列自動化比對系統」進行兩翼序列標誌 (flanking sequence tags, FSTs) 的裁切工作，最後利用 “The Rice Annotation Project Database” 資料庫進行兩翼序列標誌之插入事件的比對分析工作。本論文總共調查1403個品系，結果獲得845個合格的兩翼序列，解序成功率約為60.23%。T-DNA插入在水稻基因組呈現非隨機性的分佈，長染色體有較高的插入機率，其中以1號染色體的機率最高(15.50%)，10號染色體的機率最低(4.02%)。但是，T-DNA插入點是否位於基因內區域 (genic regions) 與其插入點上下游各10kb距離內的基因密度並沒有顯著相關性，也與插入之染色體的長度及其20kb範圍內的基因密度是否大於平均值無顯著相關性 (卡方獨立性檢定，p>0.05) 。當T-DNA插入水稻基因OsAmy1B (Os02t0765600-01) 的外顯子 (exon) 位置時，會導致突變品系的T1種子出現穀粒褐化，以及較低的充實率與十粒重，推論此基因可能會影響穀粒發育而使充實率下降。本研究對於水稻基因組之T-DNA插入事件的分佈特性有詳實的描述，亦發現基因OsAmy1B可能會影響水稻種子發育，期待這些發現能夠供後續相關研究參考，並針對T-DNA插入位置 (insertional loci) 如何影響水稻基因表現及如何修飾水稻突變體的性狀進行更深入的探討。
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