運用R及Bioconductor篩選差異性表達基因及探討相關之miRNAs-以前列腺癌為例

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Title:	運用R及Bioconductor篩選差異性表達基因及探討相關之miRNAs-以前列腺癌為例
Authors:	陳順宗
Contributors:	Department of Bioinformatics
Keywords:	微陣列;差異性表達基因;前列腺癌;微型核糖核酸
Date:	2010
Issue Date:	2010-09-09 07:29:01 (UTC+0)
Publisher:	Asia University
Abstract:	微陣列實驗可以一次記錄上萬個基因的表達，並可經由資料分析，從中篩選差異性表達基因。但是微陣列的數據有多種背景雜訊，因此ㄧ種能從微陣列中擷取差異性表達基因的分析方法便非常重要。R為整合型資料處理及統計軟體；Bioconductor是以R為基礎的應用軟體集，可分析不同的基因微陣列資料。本研究以R及Bioconductor 篩選前列腺癌微陣列的差異性表達基因(differentially expressed genes,DEGs)，再利用TAG, ncRNAppi及miR2Disease等三個資料庫，探討調控DEGs之相關miRNAs及其與人類癌症之關係。經分析後，得出如下的結果：(1)前100名差異性表達基因之調整p值皆小於5 1.9 10? ? ，其中有16個與癌症相關、(2) FOS, AXL及TGFBR2分別受到miR-101, miR-1及miR-20a調控，PLP2, CD59受到miR-124調控，而GJA1則受到miR-206及miR-1調控、(3) miR-101與包括前列腺癌在內的六種癌症有關；miR-1與四種癌症有關；miR-20a與包括前列腺癌在內的八種癌症有關；miR-124與一種癌症有關；miR-206與二種癌症有關、(4) TGFBR2受miR-20a調控而影響前列腺癌的發生。最後建立網頁將結果提供查詢，網址為：http://ppi.bioinfo.asia.edu.tw/R_prostate_cancer/index.htm
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